《地下忍者》故事发生在第二战后,日本将忍者组织废除,然而仍有为数20万的忍者隐藏在现代日本社会的各个角落,执行各种暗杀或秘密任务。这些忍者使用的忍术并非超能力或魔法,而是光学迷彩服和电击棒等科技制品。在开播当天的剧情中,祁连山开场就上演了一幕屋漏偏逢连夜雨,先是被贾真(贾景晖 饰)强迫要求改稿,又因房东单方面毁约而无家可归。刘瑕为了能够治愈更多真正需要帮助的人,也向杨有利提出离职,决定自立门户,并打算把工作室租出去一间。因缘际会下,祁连山搬进了刘瑕的新家,一个白天工作,一个半夜写稿,二人因生活习惯不同彼此嫌弃,笑闹不断,欢乐逗趣,正式开启一段早八人与晚八魂的时差恋爱之旅。